随着安田势也陆续投入了攻城战后，局势就很快呈现出了一边倒的态势。不断有新发田·安田联军的武士、足轻爬上本丸的板屏。

山浦主水正见大势已去，就赶紧下了望楼，准备寻找一处新发田·安田联军薄弱之处突围。

可还没等山浦主水正找到合适的突围之地，本丸的冠木门就已经被新发田势攻破了。他心中慌乱不已，原本护卫的家臣、小姓也都各自为战或是各自逃生去了。

新发田家家臣山田源八郎在率部攻入本丸后，就四处寻找山浦主水正的踪迹。很快，他就发现了落单的山浦主水正，当场就将其一刀毙命，取下了首级。

然而，新发田·安田联军早就杀红了眼，在进入本丸之后继续杀戮着。不论是山浦一族之人，还是城中的侍女、杂役、花匠等大都遇害。

在新发田·安田联军一番杀戮过后，新发田纲贞、安田长秀二人还是在本丸之中找到了不少山浦主水正与长尾俊景往来的书状。

而山浦家重臣大室主计等人，在见到山浦主水正的首级后，也纷纷放弃了抵抗，只有三名武士为自己的主君山浦主水正殉死。

新发田纲贞、安田长秀二人在控制了山浦领的局势后，就立即将山浦一族的首级送往府中御馆，并向上杉清定言明，他们攻灭山浦家是在万不得已的情况下所致，而且还是山浦主水正负隅顽抗所致，原本他们并不打算与山浦主水正刀兵相见的。

天文十二年，九月五日。

清定就以八条春纲、内山满久二人为留守役，负责坐镇府中町和春日町奉行所，自己则是亲自统辖颈城郡、刈羽郡、鱼沼郡、三岛郡、古志郡等地诸将出阵下越，首要目标就是已经向自己举起反旗的长尾俊景，其次是收复小川庄和菅名庄的失地，再次才是出兵西置赐郡去支援伊达晴宗。

清定以八条房繁、宇佐美定胜、北条高定三部作为先阵，桃井义孝、黑金景信、平子房政三部作为次阵，市河赖房、山本寺定长两部作为三阵，宇佐美定满担任军师，直江景纲担任小荷驮奉行，大熊朝秀担任军粮奉行，八条广繁所部作为旗本前备，小岛贞兴、荻田正贞两部为旗本左备，上条定赖所部作旗本右备，八条宪繁所部作为旗本后备，栗林赖忠、金津义旧两部作为游军，八条能重所部作为后阵，石川重久、饭沼清正二人担任军目付，松木秀朝担任旗奉行，长尾景虎、斋藤定信、泻上秀敏、久知时泰、泽根高秀、发智长芳、大关亲信、登坂清高、上野家成等部为本队直辖军势。

长尾房景、长尾为重、长尾藤景、长尾景久、长尾赖春、小国重赖、石川景重、山岸光重、垂水左卫门尉、丸田伊豆守、丸田右京助等部组成偏师，以三千余军势的兵力负责先行切断三条城与外界的联系，并对三条城进行围困。

得益于先前收容了大量来自甲斐、上野、信浓等国的流民，使得越后上杉家治下的人口数量得到了迅速增加。同时，也不用担心阵夫数量不足的问题。

此次，越后上杉家动用征召军势九千五百余人、阵夫一万余人、苗字带刀众一千余人、马廻众两百人、龙捷备三百五十人、虎捷备三百人、控鹤备一千人、常备足轻一千人，共计两万三千三百五十余人出阵下越。