在王直之前的倭寇只不过是在沿海地带进行劫掠，自他开始倭寇便开始登陆远袭，攻城略地，杀官戮民，血洗了长江中下游，就连大明的陪都南京都不得安宁。他还先后攻破府、州、县、卫所城池高达上百座，杀害军民数十万，累计涂炭数千里。

这也是清定不愿意与王直进行贸易往来的缘由之一。

得益于上杉家先前与朝鲜缔结的牙符贸易，使得朝鲜高层为了能够从上杉家处获得更多的新濑户烧瓷器，在与大明的交流中极力称赞统治扶桑东半国之地的‘贤侯’上杉清定，在上杉家的协助下，朝鲜沿海遭到倭寇袭扰的频率也是越来越低。

使得明世宗朱厚熜顿时想起了之前朱纨的献策——借助扶桑之力实现去大明沿海之盗。

于是，明世宗朱厚熜还遣使至藩属国琉球，让琉球方面也好好调查一番，那位被朝鲜方面称之为‘贤侯’的上杉清定。他有意与掌握扶桑实权之人进行交涉，希望能够协助大明清除为祸东南沿海诸省的倭寇。

而琉球方面，明世宗朱厚熜也就只能通过有着频繁贸易往来的岛津家来了解上杉家。

不过，琉球这边搜集到有关上杉家的情报，明显要比朝鲜方面多一些。

随后，尚元就遣使至北京，将上杉清定已完全掌控扶桑东半国之地的军事、政治、经济、交通航运、土地税收等告知明世宗朱厚熜。

这时的大明内部政治斗争渐趋激烈，进剿倭寇有功的前任浙江巡抚朱纨、前任闽浙总督张经先后因明世宗朱厚熜听信谗言而下狱冤杀。

继张经之后担任总督的是兵部侍郎周珫，他也仅仅经过三十四天就因赵文华的弹劾而被罢了官，由南京户部侍郎杨宜担任总督。赵文华可是在《明史》中是列入奸臣传中的人物，他早在国子监读书的时候就与严嵩有着师生之情。

在严嵩发迹之后，赵文华更是干脆认了严嵩当干爹。

赵文华不仅建议祭海神，还因索贿失败而相继弹劾海防负责人。海防负责人常常根据他的意见而进行更迭。海防负责人的频繁更迭，造成了指挥系统的混乱，结果有利于倭寇的活动。

在杨宜就任总督后不久，就发生了倭寇逼近南京城的严重入侵事件。据说倭寇不过六七十人，从杭州湾登陆后，一昼夜奔走一百八十余里（中国的一里约六百五十米），骚扰浙江、安徽两省各地，逼近南京城下，经江苏省，直到在太湖湖畔被全歼为止，历八十余日，行经数千里，杀伤四千余人。

作为禁止倭寇的一个方策，杨宜便向扶桑派出了使者郑舜功。

郑舜功于嘉靖三十四年（扶桑弘治元年）从广东乘船出发到扶桑，一直逗留在雄踞丰后的大友宗麟那里，详细调查倭寇的动静与扶桑国内情况，嘉靖三十六年（扶桑弘治三年）与大友家的使僧清授一起归国。他是以汉代张骞为榜样的冒险家，怀着很大抱负进行活动的。但他并没有更进一步前往四国、本州，反而在九州诸国待了两年以上。等他回国时，推荐他的总督杨宜已被赵文华弹劾去职。使得郑舜功的意见不仅不能被采纳，而且他还被问罪流放至四川。

嘉靖四十四年，郑舜功写的《日本一鉴》，是为了吐露他的关于天文、弘治年间扶桑的全部知识和平素怀抱的倭寇对策而向官府提出的著作。

可惜的是，郑舜功的建议并没有被采纳，他的著作《日本一鉴》也没有被发行，而是通过几本抄本流传下来，不久就被遗忘了。